微生物菌肥是作为一种绿色肥料日渐成为肥料市场的宠儿，在施入土壤后，能以其生命活动促使作物有效吸收肥料进而促进作物生长茁壮、产量增加。
微生物菌肥主要针对农业生产中长期不合理使用化肥、农药、激素、抗生素等，致使土壤板结、地力衰退、环境污染、病虫严重、农产品质量下降、有毒有害物质残留超标、危害人体健康等日益严峻问题，利用微生物的强大活性优势及其代谢产物的特定作用，达到生物修复、改良、调节、降解、增效、促长、防病、抗逆等综合功效，促进作物生长并使环境中的养分潜力得以充分发挥，为作物生长创造一个良好的土壤微生态环境。
微生物菌肥对农业生产的益处主要包括以下几个方面： 首先，添加微生物菌肥能活化土壤，改善土壤理化性质，增加土壤团粒结构，消除多年使用化肥所造成的土壤酸化、盐化、沙化、板结。近年来，温室大棚使用率逐渐增高，温室内土壤连作障碍现象明显，对作物产量和品质造成了影响，施用微生物菌肥可改善土壤条件，减轻连作障碍，还可激活土壤养分，提高肥效。 其次，抑菌抗菌抗重茬，提高作物抗逆性并促进作物生根。有益菌施入土壤后迅速繁殖，铲除因重茬引起的病害，对豆类作物、花生及瓜果类作物因重茬而发生的孢囊线虫病、根腐病、根结线虫病、枯萎病及各种作物因重茬、缺乏微量元素而产生的根系衰弱、烂根、植株矮小、枯萎、僵弱苗、豆类及花生作物结荚少、空荚率高等现象有明显的抑制和缓解作用。微生物菌肥还能促进作物根系快速生长，刺激不定根扩大，大量增生新根，提高根量一倍以上。 第三，其能提高作物品质，培育绿色食品。施用微生物菌肥可促进土壤团聚体的大量生成，提高土壤有机质、微量元素及有益微生物的含量，消除土壤板结，提高地温、提高土壤通透性及保肥、保水能力，降解土壤中肥害、药害的残留，增强瓜果着色度、光亮度，减少畸形，降低总酸，提高含糖量和多维生物含量，提高产品品质等功效。因此，微生物菌肥是生产绿色无公害有机食品的理想生物肥料。
根际是土壤与植物物质交换的场所，植物土壤微生物互作关系维持并主导陆地生态系统的功能，影响着植物的生长与发育。目前，大量研究表明土壤微生物在固定氮素，释放难溶矿物质中的营养元素，促进土壤有机质的产生以及促进微生物与植物根系的互动有明显的作用。通过对一定环境中的土壤微生物进行多样性分析，了解到土壤微生物群体的组成结构及其功能。向土壤中施用微生物菌肥等方式调整土壤微生物的种类及数目，能够增加土壤微生物的数量，提高微生物种群整体活性，从而提高土壤的肥力，改善土壤结构，促进作物的生长发育。
现代农业集约化、专业化的程度不断提高，大量无机肥料、化学农药的施用，不仅造成资源的浪费，还导致土壤结构损坏，污染人们赖以生存的环境。微生物肥料在改良土壤、促进作物生长、提高作物产量和改善品质等方面有着其他肥料不可替代的特点及作用。随着人们的环境保护、食品安全意识的增强，微生物肥料具有广阔的应用前景，将在绿色农业、生态农业中发挥重要作用。
